皇娘娘台在1957～1975年曾进行4次系统发掘。遗址有住室，窖穴和墓葬。庄室多为半地穴式，呈方形，面积较宽，内部均有白灰面。根据遗存部分推测，住室的建造都是先由地面卜挖成方形土坑．然后在底面和墙壁上涂以白灰面，构成四合璧半竖穴的形式。在住室周围，有窖穴和炉灶分布。窖穴有圆形、椭圆形和长方形，穴内满填灰土。在一大型窖穴边缘，有柱穴15个，均匀沿坑排列，穴内有朽木痕迹，间有砾石片、细石片和陶片混入。
皇娘娘台遗址出土的各种文化遗物较多，大致上有陶器、石器、骨器和铜器。陶器多破损成片，以泥质红陶极多，彩陶较少。器形和纹饰与西北地区同类文化遗存大致相同，但碗、盆、钵之类的器形却少见。石器种类很多，有斧、刀、凿、镰、镞、纺轮、刮削器等各种生产工具，多为磨制，打制的较少。细石器所占比重相当大。石器是当时人们从事农业生产的主要工具，它的普遍应用，证明农业经济已经有很大的发展。
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