今日灵隐寺是在清末重建基础上陆续修复再建的，灵隐寺布局与江南寺院格局大致相仿，全寺建筑中轴线上依次为天王殿、大雄宝殿、药师殿。
灵隐寺的最前面是天王殿，上悬“云林禅寺” 匾额，是清代康熙的手笔。大殿正中佛龛里坐着袒胸露腹的弥勒佛像。弥勒佛后壁佛龛里，站着神态庄严、手执降魔杵的韦驮菩萨，系由独块香樟木雕成，是南宋遗物。灵隐寺的大雄宝殿是单层、重檐、三叠的建筑，高达33.6米。另有清末重塑之木雕释迦坐像，高约24.8米，金光四射，闪耀夺目，富有宋代守实雕塑之风，此外还有十二圆觉，二十诸天等佛。
正面是大雄宝殿，原称觉皇殿，单层三叠重檐，气势嵯峨，重檐高33.6米，十分雄伟。大殿正中是一座高24.8米的释迦牟尼莲花坐像，造像“妙相庄严”、“气韵生动”，颔首俯视，令人景仰，这是我国最高大的木雕坐式佛像之一，是一件不可多得的宗教艺术作品。正殿两边是二十诸天立像，殿后两边为十二圆觉坐像。大殿后壁有“慈航普渡”、“五十三参”海岛立体群塑，共有佛像150尊。
药师殿为近年重建，殿中供奉药师佛像及日光天子、月光天子。殿左，有重建的罗汉堂，陈列五百罗汉线刻石像。
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