马来西亚航空运输相当发达，除了马来西亚航空公司提供飞越全球110条国际航线外，还有50多家国际航空公司飞抵马来西亚。马来西亚共有六座国际机场设施，其中吉隆坡国际机场是马来西亚的主要出入口。
吉隆坡国际机场（Kuala Lumpur International Airport）
吉隆坡国际机场是马来西亚的主要出入口，位于雪兰莪州南部的雪邦，离吉隆坡约50公里。香港、北京、上海、广州和昆明均有飞往吉隆坡的往返直飞航线。
机场快铁
乘搭机场快铁到吉隆坡市中心的吉隆坡中环广场大约28分钟，价格35马币/人。
机场地铁
乘搭机场地铁到吉隆坡市中心大约35分钟，路经5个站，价格是35马币/人。
汽车租赁
主候机楼进港大厅有以下汽车租赁公司的24小时服务台：Avis、Budget、Hertz、National和Thrifty。
出租车
从机场打车去吉隆坡市区，全程约一个小时，需要80-100马币。
吉隆坡LCCT机场（Low cost carrier terminal）
LCCT机场是廉价航空的专用机场，搭乘亚航的航班会在这里中转或停留。
机场巴士
STAR SHUTTLE往返酒店同机场，5号班车位。取行李出关后，第一个转弯处就能看到，分别是亚航SKY红色9RM、STAR黄色8RM、AEROBUS黄色8RM三家在招揽生意。目的地都是一个地方KL SENTRAL。
机场快铁
ERL连通吉隆坡中环广场与吉隆坡国际机场（KLIA），从吉隆坡国际机场（KLIA）出发，旅客可在巴士终站乘坐巴士前往廉价航空终站（LCCT）。旅客也可选择乘坐ERL从吉隆坡中环广场至LCCT(其中包括乘大巴从沙拉丁宜车站至LCCT)。
电动火车
乘坐电动火车（KTM Komuter）前往汝来车站 (也可从其他线路转乘至此)。汝来车站与廉价航空终站（LCCT）之间有巴士线路。
德士
吉隆坡市内各处的德士都能带你直接前往LCCT。
私家车
从吉隆坡市区通往机场的主要道路有 North Central Link 大道、 North South Central Link大道、KESAS大道及Lebuhraya Damansara Puchong大道。清晰的路标会引导驾驶员前往LCCT。
亚庇国际机场（KKIA, Terminal 1）
亚庇国际机场是马来西亚第二大、第二繁忙的国际机场，主要服务于国际航班和马来西亚航空公司航班。机场分为两个航站楼，两个航站楼之间必须乘坐计程车。
地址：Kota Kinabalu International Airport Beg Berkunci No 134, Aras 5, Bangunan Terminal，88740 Kota Kinabalu
官网：malaysiaairports.com.my
电话：60-88-325555
机场大巴
单程5马币/人，往返于市区、T1、T2航站楼。每小时发一班车，下车点在亚庇市中心南部的旺旺山广场(Wawasan Center)。
迷你巴士
在
2号航站楼的最北边入口外可以乘坐16c巴士到市区。票价RM1.5一人，可到达亚庇汽车站(Terminal
Wawasan)。巴士大概每小时发一班，但发车时间并不规律。最后一班车大约下午5:30到6:00出发。从1号航站楼可以坐17号迷你巴士到市区。迷
你巴士停在出机场的主路旁，车站在桥边。单程每人RM1.5，终点在City Center南边的Terminal Wawasan，距离City
Center大约1公里。从Terminal Wawasan可以坐City Bus到市中心，单程RM0.50。
亚庇廉价航空机场 KKIA, Terminal 2
主要供亚洲航空公司起降，专飞国内航线，往返于沙巴和马来西亚各地城市，在沙巴国内也是当地人很普通的代步工具。廉价航空公司AirAsia（亚洲航空）在这里有国际航班。
地址：Jalan Lapangan Terbang Lama, 88100
机场的士
开往市区任何一个角落，单程30马币约15分钟车程。需要在机场大厅的柜台预先购票。
机场大巴
开往市区的wawasan Center从08:20至19:20每1小时一班。单程票价成人5马币 ，儿童3马币。
出租车
如要乘坐出租车，需先从机场到达大厅的窗口买票，上车时再把票给司机即可。到市区的价格是30林吉特。
1、如果搭乘亚航，建议提前半年开始关注机票，最迟临出发前二个月必须要买了，否则买到更便宜的廉价机票可能性就不太大了。
2、如果你准备买机票时护照还没有办出来，可以先填身份证号码，等护照办出来后，再发邮件到亚航的邮箱。一般亚航会在24h内回复的。邮箱：malaysia_support@airasia.com。
从泰国入境大马
离北部吉打州首府亚罗士打以北48公里处的黑木山，是从泰国入境大马的旅客的主要窗口。马来西亚的移民厅及海关就座落在餐馆、商店、停车场及免税购物中心的附近。南北大道亦将黑木山连接到距离490里的吉隆坡。
马来西亚最北部州属玻璃市的巴东勿刹，是另一个进入大马的窗口。它位于主要的铁道路线上，每天都有火车从曼谷抵达这里。马来西亚铁道公司提供国际快速火车，从槟城北海开往泰国合艾，也有从巴东勿刹开往吉隆坡及最后抵达新加坡的火车服务。
从新加坡进入马来西亚半岛
新山是旅客从南部新加坡进入马来西亚半岛的主要窗口，南北大道将新山和离此以北220公里的吉隆坡连接在一起，沿途会经过数个主要市镇。
新柔长堤将新加坡和新山连接起来，长堤两边的进口处皆设有移民厅和海关检查处。在离新山西南处约30公哩的丹绒古邦，有一座称为第二通道的大桥，连接到新加坡的TUAS。马来西亚铁道公司提供从新加坡经过新山，再连接到马来西亚半岛各州的主要城镇，一直到北部泰国边境上的巴东勿刹。
马来西亚有通往新加坡、泰国的铁路，不过车行一路会非常颠簸，比较辛苦。国际线路包括西纳兰快车和拉克雅特快车。这两趟快车运行区间是新加坡——吉隆坡和吉隆坡——北海，优点是速度快、方便，缺点是停站很少。若想从北海到曼谷方向，应换乘国际快车。
马来西亚国营铁路面向外国旅客发行旅客铁道通行证，凭着一张通行证可以随便乘国营火车。通行证有两种，有效期为10天的55美元，30天的120美元，旅游者可以任选不同等级的列车，但不包括卧铺票。吉隆坡、新加坡、新山、北海、巴生港、大平原、红滩、洼卡巴鲁等车站有出售。
在新加坡的樟宜和新山的TANJONG BELUNGKOR之间有渡轮服务，从柔佛的龟吕、迪沙鲁及SEBANA COVE也有渡轮往返新加坡。
